Gjykatësit e Tribunalit mbajnë përgjegjësinë solemne në përcaktimin e fajësisë ose pafajësisë së të akuzuarve për kryerjen e krimeve të luftës në ish-Jugosllavi, dhe në dëninim e atyre që shpallen fajtorë. Gjatë zhvillimit të gjykimit, ata dëgjojnë me vëmendje dëshmitarët që dëshmojnë gjatë seancave gjyqësore dhe kontrollojnë provat e kriminalistikës dhe mjekësisë ligjore dhe prova të tjera të paraqitura para gjykatësve. Gjykatësit zbatojnë standardet më të larta ligjore në punën e tyre dhe shpallin aktgjykime bazuar në dëshmitë e paraqitura para tyre nga Prokuroria dhe Mbrojtja.
Gjykatësit e TPNJ-së janë nga sistemte të ndryshme juridike dhe i japin Tribunalit një përvojë të pasur juridike dhe një larmi përvojash dhe pikëpamjesh të tjera. Siç kërkohet nga Statuti i Tribunalit, gjykatësit janë persona me një karakter të lartë moral, të paanshëm, të ndershëm dhe zotërojnë kualifikimet e kërkuara për emërimin në postet më të larta gjyqësore, me përvojë në të drejtën penale ose ndërkombëtare, përfshirë të drejtën humanitare ndërkombëtare dhe të drejtat e njeriut.
Gjykatësit përbëjnë një nga tre organet kryesore të Tribunalit – Dhomat Gjyqësore. Dy organet e tjera janë Zyra e Prokurorit dhe Sekretaria.
Ekzistojnë tri Dhoma Gjyqësore dhe një Dhomë për Apelet. Gjatë punës së tyre, Gjykatësit ndihmohen nga Ekipet për Ndihmë Ligjore të Dhomave. Ekpipet përbehen nga shumëpunëtorë juridik, të punësuar nga Sekretaria, që ndihmojnë Gjykatësit në përgatitjen dhe menagjimn e lëndëve si dhe marrin pjesë në përpilimin e dokumentave ligjor.
Çdo Dhomë Gjyqësore përbëhet nga tre gjykatës të përhershëm dhe në një maksimum prej gjashtë gjykatësve ad litem. Me kërkesën e Kryetarit të Tribunalit Gjykatësit ad litem emërohen nga Sekretari i Përgjithshëm i Organizatës së Kombeve të Bashkuara (OKB) për të shërbyer vetëm në një ose disa çështje gjyqësore, duke lejuar shfrytëzimin efikas të resurseve në pajtim me numrin e lëndëve që trajtohen nga Gjykata. Neni 12 (1) i Statutit të Tribunalit lejon emërimin e numrit jo më të lartë se 12 Gjykatësve ad litem. Rezoluta 1931 (2010) e Këshillit të Sigurimit miratuar më 29 qershor 2010, zgjati mandatet e pesë gjykatësve të përhershëm të Dhomës së Apelit deri më 31 dhjetor 2012. Mandatet e tetë gjykatësve të përhershëm të Dhomave Gjyqësore dhe dhjetë gjykatësve ad litem u zgjatën deri më 31 dhjetor 2011 ose deri në përfundimin e çështjeve gjyqësore për të cilat janë caktuar, në rast se përfundojnë në një datë më të hershme. Gjithashtu Këshilli theksoi synimin e vet që brenda 30 qershorit të vitit 2011 të zgjasë mandatet e gjykatësve të Dhomave Gjyqësore bazuar në grafikun e planifikuar kohor të proceseve gjyqësore të Tribunalit.
Për çdo çështje gjyqësore caktohen tre gjykatës, dhe së paku njëri prej tyre duhet të jetë gjykatës i përhershëm. Dhoma Gjyqësore mund të ndahet deri në tre treshe gjykatësish, të përbëra nga gjykatësit e përhershëm dhe ad litem. Këto nënndarje kanë të njëjtat kompetenca dhe përgjegjësi si Dhomat Gjyqësore.
Dhomat Gjyqësore duhet të garantojnë proces gjyqësor të drejtë, të paanshëm të shpejtë, dhe që kryhet në pajtim me Rregulloren e Procedurës dhe Provave të Tribunalit duke respektuar plotësisht të drejtat e të akuzuarve dhe duke i kushtuar vëmendjen dhe kujdesin e duhur mbrojtjes së viktimave dhe dëshmitarëve.
Dhoma e Apeleve përbëhet nga shtatë gjykatës të përhershëm, pesë nga të cilët janë gjykatës të përhershëm të TPNJ-së dhe dy nga të cilët janë gjykatës të përhershëm të Tribunalit Penal Ndërkombëtar për Ruandën (TPNR). Këta shtatë gjykatës gjithashtu përbëjnë Dhomën e Apeleve të TPNR-së. Një panel prej pesë nga gjykatësit e Dhomës së Apeleve dëgjon apelimet dhe vendos në lidhje me to.
Kryetari dhe Nënkryetari
Kryetari dhe Nënkryetari i Tribunalit zgjidhen ndërmjet gjykatësve të TPNJ-së.
Kryetari i Tribunalit zgjidhet me shumicën e votave të gjykatësve të përhershëm për një periudhë dyvjeçare dhe ka të drejtë edhe për një rizgjedhje. Kryetari kryeson procedurat gjyqësore të Dhomës të Apeleve dhe është përgjegjës për caktimin e gjykatësve në Dhomën e Apeleve dhe Dhomat Gjyqësore. Përveç kësaj, Kryetari kryeson të tëra mbledhjet plenare të Tribunalit, bashkërendit punën e Dhomave Gjyqësore, mbikëqyr veprimtarinë e e Sekretarisë dhe nxjerr Direktiva të Praktikës që trajtojnë aspektet e detajuara të kryerjes së procedurave gjyqësore para Tribunalit.
Kryetari kryen funksione diplomatike dhe politike në lidhje me punën e Tribunalit dhe mbikëqyr Sekretarin në rolin e tij/saj si ura komunikuese e Tribunalit. Në Statut kërkohet që Kryetari të parashtrojë një raport vjetor në Asamblenë e Përgjithshme mbi veprimtarinë e Tribunalit si dhe një raport vlerësues gjashtëmujor në Këshillin e Sigurimit, duke parashtruar në detaje përparimet e bëra në drejtim të zbatimit të Strategjisë Përmbyllëse të Tribunalit.
Kryetari i tanishëm është Gjykatësi Patrick L. Robinson, që u emërua Kryetar i Tribunalit më 17 nëntor 2008. Ai u riemërtua më datën 26 tetor 2009. Ai ka qenë gjykatës i Tribunalit që nga 16 tetori 1998. Gjykatësi Robinson është nga Gjamajka Parardhësit e tij janë: Fausto Pocar (Italia; 2005-2008); Theodor Meron (SHBA; 2002-2005); Claude Jorda (Francë; 1999-2002); Gabrielle Kirk McDonald (SHBA; 1997-1999); dhe Antonio Cassesse (Itali; 1993-1997).
Edhe nënkryetari zgjidhet ndërmjet gjykatësve të përhershëm me shumicën e votave të tyre. Periudha kohore e shërbimit të Nënkryetarit korrespondon me shërbimin e Kryetarit. Nënkryetari ka të drejtën e një rizgjedhjeje. Nënkryetari ushtron funksionin e Kryetarit në rast se Kryetari mungon ose nuk është në gjendje të veprojë dhe ai mund të bëjë pjesë si anëtar i Dhomave Gjyqësore ose Dhomës së Apeleve.
Gjykatësi O-Gon Kwon u emërua Nënkryetar i Tribunalit më 17 nëntor 2008 dhe është gjykatës i Tribunalit që nga 22 nëntori 2001. Gjykatësi Kwon është nga Korea e Jugut.
