Karakteri unik i një institucioni gjyqësorr ndërkombëtar penal e vendos Sekretarinë në qendër të një tërësie komplekse përgjegjësish për udhëheqjen e Tribunalit. Përveç administrimit të Dhomave Gjyqësore, Sekretaria merr përsipër detyra të cilat brenda një shteti shpesh i jepen ministrive. Së fundi, Sekretaria përmbush detyrat e strukturës administrativ të një institucioni të OKB-së.

Administrimi i gjykatës nënkupton mbështetjen e punës së Dhomave Gjyqësore,  Prokurorisë dhe Mbrojtjes me qëllim kryerjen e procese gjyqësore. Seancat gjyqësore zhvillohen në të tri sallat gjyqësore të Tribunalit, të gjitha të pajisura me teknologji modernet dhe që mund të ndiqen nga publiku. Në gjyq, Sekretaria përfaqësohet nga ftuesit gjyqësorë dhe sekretarë gjyqësorë. Ata/ato mbajnë shënimet zyrtare të ngjarjeve në të gjitha seancat gjyqësore, administrojnë provat dhe parashtrimet nga palët në një proces gjyqësor.

Zyrat e Sekretarisë janë përgjegjëse për sjelljen e dëshmitarët në gjyq për të dëshmuar, për mbrojtjen e tyre kur është nevoja, dhe për t’u dhënë atyre mbështetje professionale psikologjike.

Zyra e Ndihmës Juridike dhe Çështjeve të Paraburgimit mundëson që të gjithë të akuzuarit të përfaqësohen brenda kohës së duhur. Misioni i saj përfshin caktimin e avokatit për të akuzuarit e varfër.
 
Mbarëvajtja e proceseve gjyqësore gjthashtu mundësohet falë përkthimeve gojore dhe me shkrim. Të gjitha seancat në gjykatë përkthehen me gojë dhe të gjitha dokumentet e përdorura nga palët përkthehen në dhe nga gjuha angleze, frënge, BCS dhe/ose shqip dhe maqedonisht.

Ndryshe nga shtetet, në të cilat çështjet e paraburgimit në përgjithësi trajtohen nga Ministria e Drejtësisë, Njësia e Paraburgimit e OKB-së (NJP-ja e OKB-së) në Hagë drejtohet nga Sekretaria. Të gjithë të akuzuarit gjatë gjykimit qëndrojnë në NJP-në e OKB-së. Shumica e tyre e kalon periudhën paragjyqësore në paraburgim. Për arsye se të gjithë të akuzuarit konsiderohen të pafajshëm deri në vërtetimin e fajësisë, regjimi në Njësinë e Paraburgimit është mjaft i ndryshëm nga ai i burgjeve i rezervuar për kriminelët e dënuar. Sekretaria mundëson që Njësia e Paraburgimit të plotësojë standardet më të larta ndërkombëtare të paraburgimit.

Një element tjetër i punës së Sekretarisë është funksioni i saj diplomatik. Ajo është përgjegjëse për kontaktet ndërmjet Tribunalit dhe bashkësisë ndërkombëtare, duke mbuluar një sërë çështjesh përfshirë bashkëpunimin e shteteve anëtare, zbatimin e dënimeve dhe marrëdhëniet me autoritetet e Holandës si vendi në të cilin ndodhen Tribunali dhe NJP-ja e OKB-së.

Së fundi, Sekretaria vepron si organ administrativ i OKB-së. Kjo përgjegjësi përfshin një fushë të madhe dhe të ndryshme të shërbimeve, siç janë informimi i publikut, siguria, udhëtimi, burimet njerëzore, financa, arkivimi, vizitat, duke përmendur vetëm disa prej tyre.

Faktikisht Sekretaria është organi më i larmishëm nga organet e Tribunalit. Ajo kryen funksione të shumta, ndryshe nga organizmat e tjerë të OKB-së.

Sekretaria kryesohet nga Sekretari, i cili që prej vitit 2000 është z. Hans Holthuis. Sekretari i Përgjithsëm i OKB-së ripërtëriu mandatin katërvjeçar të Z. Holthuis në vitin 2005. Z. Holthius është shtetas i Holandës, dhe para se t’i bashkohej Tibunalit, ai ishte Kryeprokurori Publik dhe Kryetari i Zyres Kombëtare të Shërbimit të Prokurorisë Publike të Holandës. Pararendësit e tij në këtë detyrë kanë qenë Zj. Dorothee de Sampayo Garrido-Nijgh dhe Z. Theo van Boven.